由　緒

　足羽山の東麓に鎮座し、御創建については「延喜式」神名帳に載る「毛谷神社」とされる。
　社記は依れば、男大迹王越前國御在住の時、越前國日野・足羽・黒龍の三大川の治水工事が行われ、北陸随一の大河であった黒龍川（九頭川）の守護と国家鎮護・産業興隆を祈願されて高龗神
・闇龗神の二柱の御霊を高屋郷黒龍村毛谷の杜に創祀されたものである。
その後に毛谷の杜より舟橋に社殿が移築された。
　元明天王和銅元年（７０８）９月２０日繼體天皇の御遺徳を景仰し御霊を合祀された。
元徳元年（１３２９）６月１日神託により越前守参議藤原國房公が北ノ荘斎屋清水の上に御社殿を建立され、元鎮座の地名を合せて「毛谷黒龍神社」と尊称し「黒龍宮」とも呼ばれた。
また元神社名を取って麓一帯は”毛矢の里”と呼ばれ、祭りは数多くの奉賛行事で賑い盛儀が行われた。
　慶長８年（１６０３）１月１０日越前藩祖中納言松平秀康公の祈願所とされ社領として櫻井山（黒龍山）を寄進、御社殿を（今日の藤島神社本殿位置）造営により、歴代藩主は越前鎮護の神として殊の外崇敬篤く奉祀も鄭重を極め神威日々に輝いた。
その後明治８年１２月１０日現在の地へ社殿の遷座が行われた。
同４１年８月神饌幣帛料供進の神社に指定される。
　昭和５２年御創立１，５００年式年大祭を斎行し、稚児行列、餅撒きその他各種の盛大な奉賛行事が行われた。
　平成元年社殿の老朽化に伴い第１期社殿修改築事業に着手、御本殿・拝殿をはじめ、幣殿・八幡神社・神楽殿の改築、同時に西宮恵比須神社の復興再建がおこなわれた、同３年第２期境内整備事業として玉垣・参道敷設工事が完了し修改築事業をおえる。