由　緒

創立年代不詳。元亀年間（１５７０～７３）の兵戈に依り消失の難を受け由来不詳となった。社伝に「延喜式神名帳記載の伊射奈伎神社は当社なり」という。延宝３年（１６７５）の『由緒書上扣』に「福祥山隆興寺天満天神、時代由緒不レ知、山林竹木祝屋敷御赦免、一七ケ村の大社にて御座候　祝」と、亦、文永２年（１２６５）の『惣田数帳』に「福谷宮七反　佐分郷」とあり、神田七反歩を保有していた。当時三基の大鳥居があった。即ち、一の鳥居は、本郷の野尻に（現在は、田の中に埋没している。本社から東へ約９キロメートル）二の鳥居は、佐分利の石山に（現在　直径　約２米の大磯石６個が、本社から南東へ約２１８０米の所にある。）三の鳥居は、社前にあって、境内には、本殿、拝殿、神庫、社務所、手水舎等々整い、偉観を呈していたという。
正保２年（１６４５）に小浜藩主酒井忠勝公が祈願の事があって社殿を補修し、寛政１１年（１７９９）に酒井忠貫公（小浜藩主九代）が、社殿を改修したと棟札に記している。元文２年（１７３７）に小浜の谷唯圭らによって始められた若狭三郡の天満宮２５社参りの１社で、学問芸術の神として尊崇されていた。
大正１５年２月１２日郷社に列格、３月に神饌幣帛供進の神社に指定された。
なお、明治１６年３月２２日に「天神社」を「伊射奈伎神社」と改称した。
秋の臨時大祭に「豊年祭」がある。これは豊年に限って、福谷区の氏子が「神代舞」を石山区が「獅子舞」を奉納、久保、安川、小車田、佐畑の各区の順に「神楽、獅子舞」が奉納される。